La fauna de la provincia de Misiones, notable por su maravillosa variedad, fue altamente agredida: por un lado por la caza irracional y sin control de especies con valor económico (por su piel o cuero), por el otro la eliminación de la selva como hábitat natural, con la cual disminuyeron notablemente las posibilidades de supervivencia de las especies.
Como consecuencia de ello varias especies están en virtual extinción; para evitarlo se ha implementado la veda para cazar y pescar en determinada época del año, como así también la creación de parques y reservas naturales, protegiendo de esta forma no sólo la fauna, sino también la flora de la provincia, es decir su natural equilibrio ecológico.
Especies animales en peligro de extinción:
Aves
- Harpía (Harpia harpija)
- Águila Viuda o Patera (Spizastur melanoleucus)
- Águila Calzada Barreada (Spizaetus ornatus)
- Águila Monera (Morphnus guianensis)
- Pato Serrucho (Mergus octosetaceus)
- Yacutinga o Pava de Monte (Aburria jacutinga)
- Macuco (Tinamus soitarius)
- Guacamayo Rojo (Ara chloptera)
- Papo Rosa o Loro Pecho Vinoso (Amazona vinacea)
- Chorao (Amazona pretrei)
- Maracaná Cara Afeitada (Ara maracana)
Mamíferos
- Perro vinagre o Zorro Pitoco (Speothos venaticus)
- Gato Onza (Felis pardalis)
- Tatú Carreta (Priodontes giganteus)
- Aguará Guazú o Lobo de Crin (Chrysocyon brachyurus)
- Carayá o Aullador Rojo (Alouata guariba)
- Venado de las Pampas (Ozotoceros bezoarticus)
- Lobito de Río (Lontra longicaudis)
- Comadreja de Agua o Cuica (Chironectes mininus)
- Ciervo de los Pantanos (Blastocerus dichotomus)
- Yaguareté o Tigre (Leo onca)
- Oso Hormiguero o Tamanduá (Mmyrmecophaga tridáctila)
- Comadreja Lanosa (Caluromys lanatus)
- Tatú Cementerio o Rabo Molle (Cabassus tatouay)
- Gato Moro o Yaguarundí (Felis Yaguaroundi)
- Tirica Nariz Rosada (Felis tigrina)
- Tirica Nariz Oscura (Felis wiedii)
- Lobo Gargantilla (Pteronura brasiliensis)
Reptiles
- Yacaré Overo o Ñato (Caimán latirostris)
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